审计处下设财经审计、工程审计等2个内设机构，具体工作职能如下：

1.财经审计室:起草、修订财经审计工作制度、业务流程、年度计划、年终总结等；组织实施领导干部经济责任审计、财务收支审计、预算执行审计、科研项目审计、基建工程项目竣工财务决算审计、专项审计等类型审计项目；根据学校工作安排，对专项科研经费结题审签；协调配合上级主管部门和学校组织的专项检查（调查）工作；督促指导财经审计发现问题的整改工作；做好财经审计对外宣传工作；负责财经审计项目的立卷、审计资料的整理、保管、归档工作。

2.工程审计室：起草、修订工程审计工作制度、业务流程、年度计划、年终总结等；实施建设工程项目概算、工程量清单和招标控制价的审核；实施建设工程项目的跟踪审计、竣工结算审计；配合基建工程项目竣工财务决算审计等；部分业务环节和重要事项的审计咨询；协调配合上级主管部门和学校组织的专项检查（调查）工作；做好工程审计对外宣传工作；负责工程审计项目的立卷、审计资料的整理、保管、归档工作。